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1676年，44岁的布料商人安东尼·范·列文虎克（Antonie van Leeuwenhoek）在荷兰代尔夫特的店铺里不务正业地在一架显微镜下看一滴雨水，发现其中有生命的痕迹，于是为人类打开了一扇大门，通向微生物世界的大门。

这扇大门被打开之后，我们生活的世界从人类与神魔鬼怪共存的假二维世界变成人类与微生物共享的真正的二维世界，古往今来很多神仙、妖魔、鬼怪的业绩和上帝之手其实是微生物世界在人类世界的投影。

迄今8000-10000年前，因为成功地驯化植物和动物，人类的命运发生一次重大的转变。植物和动物的驯化对人类有四大影响：减少了饥饿的风险、使得人类开始了定居的务农生活、改善营养并增加了生育率、因为接近动物而增加了动物传染病进入人类的风险，

人口密度增大、居住地卫生条件差、缺乏污水处理、与饲养动物共同生活和对传染病缺乏认识使得从那时直到现在，人类一直生活在瘟疫时代，也使得高度发展的免疫系统成为人类主要的进化优势，不断重复的微生物感染所产生的极强的选择性压力导致了人类出现高度进化的先天和获得性免疫系统。

动物驯化的优势非常明显，劣势也同样明显，让人类暴露于一个大的异源传染源库。虽然病原体很难穿越人兽界限，但一旦成功，病原体便具备了不存在任何免疫抵抗力的巨大优势，很容易成为流行性疾病。骆驼痘变成人类天花、牛瘟变成人类麻疹、牛结核病变成人结核病、猪流感变成人流感，一直到近年来的艾滋病、SARS和新冠。此外，生活在人类周边的啮齿类、蚊子、蝙蝠和其他野生动物成为传染病原的存储库，导致病原体在人类和动物之间反复交流。

在古埃及时期，传染病就被记录下来。发现新大陆引起了一次大的微生物交换，以天花为首的旧大陆传染病在100年间使得美洲土著居民只剩下10%，哥伦布从新大陆带回了梅毒，在旧大陆开始流行起来。

现代微生物学出现之前，对于疾病的原因，占统治地位的是内源说，有信仰的人认为是人类不信上帝所受的惩罚，迷信的人认为是被巫师害的，科学家认为是血液中某种东西导致的，这种理论引起放血疗法盛行，通过释放血液中致病物来达到治病的目的。

文艺复兴的一大成就是为科学解禁，1546年，意大利医生吉罗拉莫·弗拉卡斯托罗（Girolamo Fracastoro）提出了病菌理论，认为自然界存在微小的、能独立生活的生物是疾病的根源，可以直接人传人或者通过中间宿主传播，他还正确地推测梅毒就是这样的传染病，并将之怪罪于法国人，称之为“法国病”。法国人也不甘示弱，将梅毒命名为“意大利病”。

列文虎克用显微镜证实了弗拉卡斯托罗的推测，不过他显微镜下的那滴雨水只证实了另一个世界的存在，并没有建立两个世界之间的联系。因为没有办法和证据将微生物与疾病联系起来，在之后将近200年间，这两个世界是平行存在的，虽然隔一些年就有个医生或解剖学家重提病菌理论，但微生物世界始终处于被忽视状态，更没有将之与人类疾病联系起来。